Jens Wegener trat 2003 in die Bundeswehr ein, studierte während seiner Offizierausbildung Staats- und Sozialwissenschaften an der Universität der Bundeswehr München (UniBwM) und absolvierte im Rahmen des deutschen und spanischen Generalstabslehrgangs zwei Masterstudiengänge (Militärische Führung und Internationale Sicherheit, Helmut-Schmidt-Universität Hamburg bzw. Máster Universitario en Política de Defensa y Seguridad Internacional, Universidad Complutense de Madrid). 2020 promovierte er an der UniBwM mit dem Thema »Jeremy Benthams normativ-anthropologischer Ansatz. Theorie und praktische Implikationen« zum Doktor der Philosophie.